O Programa de Pós-Graduação em Física Aplicada (PPGFISA) tem como diferencial a ênfase na aplicação direta da Física, com linhas de investigação que abrangem a Física Teórica e a Física Experimental. O mestrado na UNILA tem duas áreas de concentração: Física Teórica e Computacional, e Física da Matéria Condensada.